依據經濟部智慧財產局資料顯示，臺、清、交、成四校專利總申請量四年降35%，而國立清華大學為四校中，唯一專利申請量成長之大學，且發明專利占95.5%以上。清華大學研發長潘犀靈表示，依據智慧局調查結果，邁向頂尖大學計畫補助逐年降低，以及科技部將於明年刪減專利補助費用等政策因素，影響了專利案件申請數，是研發能量發展的一大隱憂，建議政府宜有對應措施。
臺、清、交、成四校100-103年的專利申請量，由100年的721件，降至103年的485件，平均每年降幅約為12%。104年四校的專利申請量仍持續下滑約10%。由此可知政府補助專利申請經費的短促，對四校專利申請的影響遠大於大專院校的整體表現。
在經費如此拮据的狀況下，清華大學仍重視研發成果之專利布局，鼓勵校內教授與研究人員申請專利，將豐沛的研發能量朝向專利授權與技術移轉之目標邁進。依100年至103年之專利統計資料，清華大學為四校中唯一專利申請量維持正向成長，且發明專利占95.5%以上；全球學術機構獲美國專利數的排名，由2012年的79件成長至2014年的114件，名列世界百大第11名。
104年清華的技轉金額超過1億元，其中包含的技術與專利以過去5至10年累積的研發成果為主。潘犀靈表示，學校一貫注重基礎與創新學術研究，將之演化並商業化需要時間的醞釀及等待市場的機會。若因眼前的經費不足，忽略了專利的申請與布局，對未來創新產業的發展，必有相當程度的影響。清華為維持優質足量的專利布局，對專利申請秉持「質量並重」的態度，除每月定期檢視專利申請與獲證數外，更重視專利品質，在技術提案申請專利的過程中進行把關，除評估技術原創性外，更著重於技術未來商業運用的可行性以及技轉潛力，期待藉由完善的專利布局，厚植本校專利智財基礎。
